Historiador belga.Se doctoró en 1883 en la Universidad de Lieja, inclinándose desde entonces por el estudio de la Edad Media; un año después se incorporó a la cátedra de William Ferdinand Arndt en Leipzig.

Fue discípulo también de Henry Bresslau y de Gustav Schmoller. Profesor de Historia desde 1892 y hasta su muerte en la Universidad de Gante. Es conocido como uno de los grandes historiadores del siglo XX, en particular por lo que se conoce como la Tesis de Pirenne (una reinterpretación vigorosa e inédita sobre el inicio y duración de la Edad Media) y por su estudio sobre los orígenes de Bélgica como nación. El libro más conocido de Pirenne es Mahoma y Carlomagno que es una especie de colofón al libro Historia económica y social de la edad media, que se publicó en artículos y que contiene la tesis que lleva su nombre.