Zimmer es uno de los divulgadores científicos más importantes de la actualidad. Empezó escribiendo sobre ciencia en la revista Discover, y desde entonces ha escrito 13 libros sobre biología, medicina y neurociencia. Actualmente es el autor de uno de los blogs más prestigiosos sobre ciencia, The Loom. Desde 2013 es columnista en el New York Times, donde escribe semanalmente sobre ciencia, y colabora habitualmente con publicaciones como National Geographic, Wired, Scientific American, Science, Popular Science y Discover, y con varios programas de radio como Radiolab y This American Life.

Son especialmente conocidas sus conferencias sobre evolución y sobre el extraño mundo de las criaturas más pequeñas, los virus y los parásitos, protagonistas de varias de sus obras. Zimmer ha demostrado ser un excelente explorador de las fronteras de la ciencia, lugar desde donde los científicos intentan expandir nuestro conocimiento del mundo. Todo eso le ha reportado numerosos premios a lo largo de su carrera, como el National Academies Science Communication Award (2007) y el Stephen Jay Gould Prize (2016), premio concedido por The Society for the Study of Evolution, en reconocimiento al esfuerzo continuo por hacer más comprensible para el gran público la biología evolutiva. Su influencia es tal que es el único escritor con cuyo nombre se ha bautizado a una especie de tenia.