Bauer es un periodista de Die Zeit. Tras licenciarse en Estudios Islámicos, Geografía e Historia, ha trabajado como reportero para las revistas alemanas Focus, Zeit Dossier, Neon/Nido, Greenpeace Magazin, Geo y National Geographic. En junio de 2007, Bauer informó de que, cuando estaba integrado en la 82.ª División Aerotransportada estadounidense en el área de Ghazni (Afganistán), fue testigo de abusos de soldados estadounidenses y afganos sobre sospechosos capturados. Focus publicó una foto de un preso afgano atado al parachoques de un camión militar, lo que Bauer calificó de simulacro de ejecución, un acto de tortura y un crimen de guerra. Escribió que, además, la familia del sospechoso había sido amenazada, y que esta historia de brutalidad no era un caso aislado: también fue testigo de un interrogatorio en el que un agente del servicio de inteligencia afgano golpeaba al sospechoso con la culata de un rifle.

Sus reportajes han sido galardonados en numerosas ocasiones, entre otros ha recibido el Premio Bayeux-Calvados para corresponsales de guerra o el Premio Europeo Columbus a la Excelencia en Periodismo (2011). Ha trabajado en el mundo árabe desde hace muchos años, incluso en zonas de guerra en Siria y Libia. Su segundo Premio Bayeux-Calvados para corresponsales de guerra fue otorgado por el reportaje sobre los refugiados sirios publicado en Die Zeit que formó la base del libro Cruzando el mar.